O Ensino Secundário no Colégio da Rainha Santa Isabel norteia-se pela Pedagogia Cluny, de forma a tornar o aluno construtor do conhecimento: desmistifica a competição e ensina a valorizar a colaboração entre alunos.
Visando a excelência, qualidade e consolidação do conhecimento, através do desenvolvimento integral do aluno, potencia, a par do Saber e do Saber Fazer, práticas de cidadania, que incutem no aluno o Saber Ser, preparando-o para o ingresso no Ensino Superior e, sobretudo, para a vida.
Com o sucesso académico e pessoal como metas, um corpo docente estável envolve-se no processo educativo, privilegiando a vertente holística da formação: académica — com destaque para as aulas de apoio a todas as disciplinas; cultural e desportiva — potenciada através de um vasto leque de Atividades de Complemento Curricular e pela abordagem de um Tema Cultural trabalhado por todos os níveis de ensino; social — envolvendo o aluno em missões de voluntariado; pastoral e espiritual — com especial destaque para os Encontros de Reflexão, Grupos de Preparação para o Crisma e tempos de oração.
Todos os cursos científico-humanísticos do Ensino Secundário são ministrados no Colégio, com elevada taxa de colocação dos alunos na primeira opção no Concurso Nacional de Acesso ao Ensino Superior e excelentes resultados nos exames nacionais, que têm guindado o Colégio aos lugares cimeiros do ranking das escolas, ao longo dos últimos anos.